Le comte Hugues de Bourgogne fut sans doute le plus arrangeant et le plus désintéressé de tous les héritiers du comte Hugues de Chalon et son épouse la comtesse Alix.
C'est peut-être là la raison pour laquelle son frère Renaud lui fit ce don.
Hugues est mort dix ans après Renaud, en 1331. Mais, pour des motifs qui restent flous, ses héritiers légitimes ne rentrèrent pas de suite en possession du château et de ses dépendances.
Le château constituait bien alors à cette époque un fief du comte de Bourgogne.
Au cours de la guerre qui opposait alors Eudes IV (duc de Bourgogne) et les seigneurs comtois, Hugues de Bourgogne s'empara de plusieurs villages stratégiques appartenant aux seigneurs comtois, dans le but de mieux défendre la place forte que constituait son château d'Etobon.
En 1332, toutes ces propriétés furent rattachées sous le titre de "terre d'Etobon".
On y trouvait alors les 17 villages suivants:
Suite à l'intervention de Philippe le Long (roi de France), le 13 juin 1337, Eudes IV se voit contraint de se défaire de Moffans, Lomontot, Andornay, Vacheresse, Frotey-lès-Lure et la moitié de Clairegoutte, au dépens d'Henri de Montfaucon qui réunira alors le tout à la "terre de Granges".
Il ne restait donc plus que 11 villages et demi à Eudes IV sur cette "terre d'Etobon".
La guerre se poursuivit, avec quelques trêves tout de même, jusqu'en 1349.
A la mort d'Eudes IV en et par le jeu des donations et héritages divers, ce sont à Agnès (comtesse de Montbéliard) et à Jeanne (marquise de Bade) que sont remis le château d'Etobon, Magny-Danigon, Belverne, Couthenans et la seconde partie de Clairegoutte.
Henri de Montfaucon, comte de Montbéliard et époux d'Agnès, pu ajouter alors à son titre celui de seigneur d'Etobon.
Sa seigneurie d'Etobon comportait alors en 1358 les fiefs d'Etobon, Clairegoutte, Belverne, Magny-Danigon. Frédéric-Fontaine les rejoignit à sa naissance, quelques 230 années plus tard.
La seigneurie ne fut pas rattachée immédiatement et dans sa totalité au comté de Montbéliard, puisqu'on retrouve la trace de Clairegoutte et Belverne au sein de la seigneurie de Granges.
Le Magny-Danigon était quant à lui un arrière-fief de seigneurs indépendants.
Le 30 octobre 1397, Henriette (arrière petite fille d'Henri de Montfaucon) reçoit le comté de Montbéliard, le château d'Etobon (dans lequel elle séjourna) et ses dépendances. Elle se maria avec Erard de Würtemberg deux semaines plus tard.
Le destin du château d'Etobon touche à sa fin en 1519: Guillaume de Furstemberg (seigneur d'Héricourt) s'en saisit, dans la guerre qui l'oppose à Ulrich de Montbéliard. Il le fera réduire en cendres. Il n'en reste aujourd'hui que les ruines.
Par la suite, le village d'Etobon connaîtra le sort historique suivant:
* 1587: Douloureuse invasion des Guises, qui détruisent la moitié du village et de ses habitants.
* De 1662 à 1715: Installation de plusieurs familles suisses francophones et protestantes qui participeront au repeuplement du village.
* 1715: Ce sont plusieurs fermiers anabaptistes qui colonisent Etobon et lui apportent beaucoup en matière de culture.
* 10 octobre 1793: La seigneurie est réunie à la France et au département de la Haute-Saône.
* Septembre 1944: Etobon était alors le centre d'opération d'un important groupe de résistants. Plusieurs prisonniers allemands alors en détention au village parvinrent à fuir et rapportèrent les activités des maquisards.
Le 27, le village est envahit par un peloton de mercenaires russes. 67 hommes (civils et maquisards) sont conduits de force à Chenebier (39 fusillés), à Banvillars (9 morts) ou en camp de déportation (7 décès).
La croix de guerre a été décernée à Etobon.