Eudes IV confia ses acquisitions à Hugues de Bourgogne et les fit par la suite entrer dans ce qu'on nomma la "Terre d'Etobon d'Hugues de Bourgogne".
Hugues de Bourgogne décida dès lors de faire construire un château au Magny- Danigon, afin de mieux défendre Etobon et la seigneurie de Lure dont il était gardien.
Le sort du fief du Magny suivra désormais le tracé historique suivant:
* 1349: Le fief est rendu par les héritiers d'Eudes IV aux deux filles du comte Renaud de Bavans.
* 1374: Le Magny passe aux mains de Jacques de Franquemont (mort en 1482), descendant de la famille de Bavans.
* 1419: Dénombrement dans lequel on relève l'existence du château.
* 1537: Il fait désormais partie du fief de la seigneurie souveraine d'Etobon, sous la gouverne du duc de Würtemberg, comte de Montbéliard.
* 1565: Installation du premier maître d'école: Philippe Mairot.
* 1580: Jean Ulrich de Steinek vend son fief à son suzerain Frédéric de Würtemberg: la seigneurie d'Etobon compte donc 4 villages (Magny-Danigon, Clairegoutte, Belverne et Etobon).
En effet, avant 1580, Belverne, Etobon et une partie de Clairegoutte formaient l'ancienne seigneurie d'Etobon. Celle là même que la comtesse Henriette avait affranchit de la "mainmorte" dès 1431.
* 1588: Le colonel de Villevineux (protestant réfugié) est châtelain du village.
* 1583: Le 4 Novembre, Frédéric décide d'affranchir de la mainmorte les habitants du Magny-Danigon (et de l'autre partie de Clairegoutte). Cette mainmorte était une servitude qui faisait des habitants une sorte de "locataires perpétuels " vis à vis de leurs seigneur.
* 1790: La dernière tour du château est démantelée par les habitants.
Le village du Magny-Danigon fit partie du Comté de Montbéliard jusqu'à son annexion à la France. Il est envahit le 12 octobre 1792 par des hommes de la garde nationale, qui obligent les habitants à planter le drapeau tricolore.
Il sera placé dans le district de Lure le 11 octobre 1793.
Le 18 Septembre 1944, 40 jeunes des F.F.I. (Forces Françaises de l'Intérieur) tombent sous les balles allemandes. Un Mur des Fusillés rappelle leur souvenir.
Le Magny-Danigon est titulaire de la Croix de guerre 1939-45.